Dom José Rodrigues de Souza foi sepultado no distrito de Carnaíba do Sertão, em Juazeiro, de onde foi bispo emérito, "deixando como legado o exemplo de simplicidade, coragem e fé", registra o deputado Luciano Simões (PMDB) em moção de pesar. Ao chegar a Juazeiro, "abraçou a defesa das populações desalojadas pela construção da Barragem de Sobradinho e pela implantação dos projetos da agricultura irrigada no vale do São Francisco. Defendeu os pequenos proprietários e posseiros contra a grilagem de terra".
D. José Rodrigues "foi uma espécie de marinheiro que não temia tempestade, era uma montanha que não se abalava com os protestos dos poderosos, não fugia da odisseia, sempre ancorado nos fortes princípios da fé cristã, sem esquecer o social, combatendo o bom combate, no cumprimento da missão. Recebeu da imprensa a denominação de Bispo dos Oprimidos".
Recebeu também diversas e seguidas homenagens "ao seu laborioso trabalho", títulos e comendas, incluindo os de Cidadão Soteropolitano, concedido pela Câmara Municipal de Salvador, e de Cidadão Baiano, pela Assembleia Legislativa. "Essa ilustre figura religiosa, para alguns polêmica, foi membro da Associação Bahiana de Imprensa e, dentre outras posturas marcantes, prestou depoimento na CPI das enchentes do Rio São Francisco, da Câmara Federal, na CPI da grilagem de terra, da Assembleia Legislativa da Bahia, na CPI do Terror, do Senado e Câmara federal, promoveu trabalho de educação política com subsídios publicados pela Diocese de Juazeiro, com distribuição de cartilhas orientadoras e de cunho social. Os poderosos da Bahia e do Brasil não gostaram, e veio a reação, deflagrando uma onda de perseguição ao bispo: sua casa foi invadida na calada da noite e apareceram pichações e distribuições de panfletos clandestinos fazendo intimidações. Tudo isso, em plena ditadura militar."
Lembra o deputado Luciano Simões que, na sua despedida da Diocese de Juazeiro, o bispo fez a seguinte reflexão: "Da minha terra, palco da tragédia de Tiradentes, levei para a vida o anseio pela liberdade, a rebeldia contra toda forma de dominação, a luta pela libertação do homem e da mulher de tudo aquilo que fere ou esmaga a dignidade do ser humano, criado à imagem e semelhança de Deus. Lutei pelos pobres da minha diocese."
"Hoje, diante de vocês, renovo minha opção pelos pobres, desde pequeno optei pelos pobres! Quis ser padre e depois fiquei bispo, sempre do lado dos pobres! Acrescento, pobre cheguei à Diocese de Juazeiro, pois sou religioso com voto de pobreza, e pobre vou embora, não levarei nem os meus livros da biblioteca com dedicatórias carinhosas a mim. Quando seminarista, aprendi de cor o soneto Despedida e guardei a última estrofe. É assim que o poeta descreve a despedida: ‘Trocam-se as doces expressões finais e quando os lábios dizem até breve, os corações murmuram: talvez nunca mais. Assim viveu e assim morreu, o bispo D. José Rodrigues, o bispo dos excluídos, como era conhecido’", finaliza Simões.